Ryan Taylor sendte Grimsby foran etter tre minutter etter forarbeid av Sousa.
Grimsby hadde hele tiden overtaket og kom nærmest da Shaun Pearson headet en corner i tverrliggeren etter 83 minutter.
The Mariners dro det i land. Positivt var det også at John McAtee var tilbake fra skade og fikk et lite kvarter.
Grimsby – Southend 1-0
Blundell Park, 5646 tilskuere
Mål: 1-0 Ryan Taylor (Sousa) 3′
Grimsby (4-4-1-1): 1. James McKeown – 2. Michee Efete, 5. Shaun Pearson, 6. Luke Waterfall, 3. Adam Crookes – 15. Harry Clifton, 8. Giles Coke, 26. Alex Hunt (10. John McAtee 77′), 18. Erico Sousa (17. Seb Revan 91′) – 4. Ben Fox – 29. Ryan Taylor. Innbyttere: 7. Will Bapaga, 16. David Longe-King, 22. Ryley Towler.
Gult kort: John McAtee 90′
Max Wright er på skadelisten, mens John McAtee er tilbake på benken. Lenell John-Lewis antas å være den hemmeligholdte spilleren med hamstringskade.